1727年3月30日牛顿在伦敦去世。20世纪中，英国科学家将保存了250之久的牛顿的头发进行了化验，发现其中含有过量的铅、汞和锑等金属元素，从而得出：牛顿是死于慢性金属中毒的结论。
牛顿晚年患有膀胱结石、风湿等多种疾病，1727年3月20日，牛顿在伦敦病逝，终年84岁。由于他在科学事业上的杰出贡献，他被葬在威斯敏斯特教堂的公墓里。