“不只是”和“不止是”的区别是“不只”和“不止”的不同：词性不同、用法不同。
一、词性不同：
“不只”是连词，相当于“不但”、“不仅”，后面要有与之相呼应的连词。
“不止”是动词，意思是不停止；常用来表示不限于某个数量或范围。
二、用法不同：
“不只”用于递进关系的复句中。例如：
1、他不只楷书写得好，还会画水墨画。
2、这里的河水不只可以用来灌溉农田，而且可以用来发电。
3、这几天，不只北京，好几个北方的城市也下了大雨。
“不止”用于单句中。例如：
1、他听到这个消息后，大笑不止。
2、小李胳膊受了伤，血流不止，卫生员赶紧给他包扎。
3、在这方面，做得好的，不止你提到的3个村子。
“不止”的出处：
1、《左传·襄公十八年》：止，将为三军获；不止，将取其衷。
2、《史记·孝武本纪》：泰帝使素女鼓五十弦瑟，悲，帝禁不止，故破其瑟为二十五弦。