双重学籍的要注销掉一个，一般需要由学生前就读学校所在地办理。尤其是学生在转学进入联办学校，由联办学校为其申报学籍，原就读学校随即注销其学籍。
按照《教育部关于印发《中等职业学校学生学籍管理办法》的通知》第十一条规定：东部、中部和西部联合招生合作办学招收的学生，注册及学籍管理由学生当前就读学校按学校所在省（区、市）有关规定执行，不得重复注册学籍。
学校不得以虚假学生信息注册学生学籍，不得为同一学生以不同类型的高中阶段教育学校身份分别注册学籍，不得以不同类型职业学校身份分别向教育部门和人力资源社会保障部门申报学生学籍。