荚膜是包围在细菌细胞外面的一层粘液性物质，其主要成分是多糖类，不易被染色，故常用衬托染色法，即将菌体和背景着色，而把不着色且透明的荚膜衬托出来。荚膜很薄，易变形，因此，制片时一般不用热固定。
荚膜染色主要用于炭疽杆菌病料的荚膜检查，因为炭疽杆菌荚膜系由d-谷氨酸组成的多肽所构成，而菌体的主要成分则为核蛋白，因二者着色力不同，染色水洗后，则可把荚膜上一部分染料冲洗掉，颜色变淡，故显微镜检查时，在着色较深的菌体周围看到一圈呈淡紫色的膜，即荚膜。又因碱性美兰是一种多染性染料，故菌体染为蓝色，荚膜则染成淡蔷薇色。