南通中考的科目共有九门，分别是语文、数学、英语、物理、化学、生物、政治、地理和历史，每门科目的分值如下：
(1) 语文：满分100分，其中，阅读理解（30分），课内作文（50分），智育测试（20分）。
(2) 数学：满分100分，其中，课内作业（25分），期中考试（30分），期末考试（45分）。
(3) 英语：满分100分，其中，课内作业（30分），课内测试（20分），期中考试（25分），期末考试（25分）。
(4) 物理：满分100分，其中，课内作业（25分），期中考试（35分），期末考试（40分）。
(5) 化学：满分100分，其中，课内作业（30分），期中考试（25分），期末考试（45分）。
(6) 生物：满分100分，其中，课内作业（25分），期中考试（35分），期末考试（40分）。
(7) 政治：满分100分，其中，课内作业（30分），期中考试（35分），期末考试（35分）。
(8) 地理：满分100分，其中，课内作业（30分），期中考试（30分），期末考试（40分）。
(9) 历史：满分100分，其中，课内作业（25分），期中考试（35分），期末考试（40分）。
此外，中考中还会加评考科目，南通市的加评科目主要是体育。
上述九门科目的总分值为900分，加评科目（体育）的总分值为100分，总分值为1000分。