标记基因可以是特有的抗性基因，成功导入并表达该标记基因的生物就具有相应的抗性，据此判断基因表达载体是否成功导入细胞内，此外，标记基因也可以是用放射性同位素标记的基因，通过检测放射性来判断基因表达载体是否成功导入受体细胞。
在基因表达载体中，由于构建载体的目的不同，需要的标记基因也不同。有的标记基因是质粒固有的，有的标记基因是另外加上的。一般情况下，质粒载体在基因组中有1~2个筛选标记，为寄主提供于检测的表型特征。