明孝陵有朱元璋的遗体，朱元璋去世后埋在南京市紫金山南麓独龙阜玩珠峰下的明孝陵，和马皇后合葬于此。朱元璋出殡的时候同时抬出了13个口棺材，而且明孝陵就是专门去葬君王遗体的皇陵。
洪武十四年（1381年），朱元璋命中军都督府佥事李新主持陵墓的营建工程，此年八月，马皇后去世，九月葬入此陵，定名为“孝陵”。孝陵之名，取意于谥中的孝字，有“以孝治天下”之意，一说是马皇后谥“孝慈”，故名。