事业单位分配制度改革中，对经费完全自理的事业单位，要允许。

2019年7月，根据党的十六大关于 “推进事业单位收入分配制度改革”的要求，结合事业单位人事制度改革的目标，事业单位新一轮的收入分配制度改革拉开帷幕。目的是逐步建立起符合各类事业单位特点，宏观上注重公平，微观上体现激励，秩序规范的收入分配制度，实现事业单位收入分配制度的科学化、规范化和法制化。然而，由于相关政策不配套，事业单位收入分配不公、行业间收入差距过大、收入分配缺乏激励性等问题仍然很突出，深化事业单位收入分配制度改革任重道远。
深化事业单位收入分配制度改革，就要实现资本、技术和管理等生产要素参与分配，建立一套与社会主义市场经济体制相适应、符合不同类型事业单位发展战略，以聘任制为基础，以岗位管理为重点，以现代薪酬理论为指导，以岗位绩效工资为主、货币化福利为辅，有利于吸引人才、留住人才和人尽其才的重实绩、重贡献、向优秀人才和关键岗位倾斜，形式多样、自主灵活的分配激励机制，充分调动职工的积极性、创造性，增强内部活力和外部适应力，促进各项社会事业协调、有序、又好、又快发展。 （一）实行项目 （课题）工资制
事业单位根据工作需要，可将技术成果、工作项目作为核算单位，由项目负责人对该项目完成的质量、完成时间、经费进行总体承包。项目组内人员的收入由项目负责人根据实际贡献进行分配。事业单位还可对关键岗位上的优秀人才根据不同情况建立项目津贴、课题津贴等特殊分配办法，提供住房等优惠待遇。
（二）实行年薪工资制
对完成上级下达经济效益指标好的三类事业单位、高层次人才和事业单位的个别管理岗位，可试行年薪工资制。对单位公认的技术精湛、专业水平很高并取得突出经济效益和社会效益的少数专业技术人员，可按本单位员工平均工资一定倍数领取相应的年薪。年薪由基本年薪、效益年薪两部分构成。生产经营型事业单位的基本年薪根据收入、资产规模、职工人数等考核指标计算；效益年薪根据资产保值增值等考核指标计算。
（三）实行兼职工资制
事业单位要允许科技人员在完成本职工作、保证单位利益和知识产权不受侵害的前提下，在其他单位兼职从事研究开发、技术咨询、技术培训和技术承包等活动。同时依据国家有关政策和法律规定，保障科技人员的工资、保险、福利待遇和奖金、知识产权、科研成果、兼职收入等方面的合法权益。经单位批准或供求双方协商一致，短期聘用的，其收人由单位与专业技术人员约定；从事技术咨询、技术服务的，所得报酬除按有关规定上缴本单位一部分外，归个人所有；从事技术承包的科技人员的报酬与其承包所创造的经济效益直接挂钩，按合同兑现。
（四）实行协议工资制
事业单位通过市场招聘或以其他形式择优选聘在关键岗位上的高级经营管理人员、高新技术人才可实行协议工资。单位可与被聘人员就月或年工资报酬签订协议，也可就某一项工作任务签订报酬协议，单位按协议支付工资报酬。由单位根据其实际业绩和能力水平及预计效益情况与个人签订工资报酬协议，通过业绩考核予以兑现。