从前有一个叫做尼尔斯男孩,他十分调皮,常常捉弄家中的动物。
有一次,他因为捉弄小狐仙,被小狐仙变得和拇指一样小。尼尔斯想找小狐仙,可家里动物都不愿帮他。这时,雄鹅莫顿想跟着大雁飞行,尼尔斯想阻止它,结果被莫顿一起带上天空。
当阿卡它们知道尼尔斯是人后,要求莫顿把尼尔斯送回家。幸亏尼尔斯不顾危险,从狐狸口中救出了大雁。阿卡才答应让尼尔斯和他它们同行。
一路上,尼尔斯又几次从狐狸口中救出了大雁,还帮助他以前的两个小伙伴找到了父亲……
当阿卡他们路过尼尔斯家时,尼尔斯和莫顿回到了家里。莫顿被尼尔斯的父母给捉走了,面临死亡。尼尔斯虽然害怕自己这个样子出现在父母眼前,但是他为了救莫顿,敲开了家里的门。当父母打开门时,尼尔斯终于变回了正常身高。