一部力量强烈、立场鲜明的影像作品，往往会引发与其规模成正比的争议。《海豚湾》在主题的深刻性、叙事的流畅与震慑人心上，呈现了一个纪录片的范本。同时，也引起了人们对背后真相的思考。
尽管本纪录片主要记录了某一海洋保护组织的成员为了保护海豚，为揭露日本大量屠杀海豚的的罪恶行径所做的伟大斗争，在感受日本残忍的行为同时，带来的更多是思考！
首先，古往今来，邪恶与争议的战争从未停歇，彼此间的搏斗也是长久的。纪录片讲述了海豚保护者与屠杀海豚者之间的一种搏斗。在日本太地町每年有两万三千条海豚遭到屠杀，而且这是不被日本群众所知道的。当地渔民根据海豚的首要器官是听觉这一信息，用超大噪声引起海豚不安，使他们产生巨大压力并将他们堵截在海湾处进行人工捕杀。海豚的鲜血染红了海水，看之令人阵阵心痛。如何将日本这一罪恶公之于世，成了该组织人员面临的重大挑战。保护人员曾多
次前往捕杀海豚的现场，都遭到了当地渔民的阻止，甚至人身攻击。
但是面对日本的多方阻挠，该组织的人员并没有轻易地放弃，他们想方设法的对那一残忍的杀戮场景进行拍摄，把摄像机安置在人工岩石中，黑夜潜入现场进行拍摄，经过最终的努力他们做到了。在本片中我们也看到了两个日本政府人员的正义揭露。正是正义驱使他们克服重重困难去勇敢的与邪恶作斗争，我敬佩他们。他们的力量或许很小，但是在黑暗的笼罩之下，他们仍会尽力去寻找光明，去伸张正义。
其次，人来社会越来越发展，伴随而来的是人类对环境的肆意破坏，人类与自然的关系显得更加微妙。从古代的敬畏自然，到人类对大自然的征服，处于现代文明的我们应该如何平衡两者之间的关系？那就是尊重自然，与自然和平共处。海豚作为一种智慧的生灵，那些海豚救人的故事仍在继续，日本大量捕杀海豚，曾贩卖海豚肉，致使那个年代的许多儿童天生残疾，这是大自然对人类的惩罚，我们应该引以为戒，而不是继续破坏自然，自取灭亡。
最后，在某种情况下，人民只能沦为国家政策的奴隶，人民没有选择自己自由的权利。难免让人感到可悲，被蒙在鼓里的可怜人民，最终会成为国家的牺牲品。据科学调查发现海豚肉里还有超高量的汞，但是这样，日本政府却规定全国小学的午餐都要吃海豚肉，这一政策让人不寒而栗。
影片的支持者在数量上极大地压倒了质疑者，但一些言之有理的质疑足以让我们每一个人反思:是不是仅仅因为本片的“主人公”是人见人爱的海豚，才激起了我们泛滥的同情心？如果是鸡鸭猪牛羊充斥其间的屠宰场，我们还会不会有同样强烈的愤慨，以及愤慨之后可能付诸的行动呢？
不过这正好也从另一个角度说明，《海豚湾》已经达到了它想要的效果:至少，人们开始思考食物链、食品工业和环保行为下所掩盖的悖论，进而思忖自身的行为是否得当。
实际上，当哥本哈根会议在罗生门般的迷雾中无疾而终，当碳减排步履艰难而污染继续增长的时候，当年《黑客帝国》里特工史密斯说过的一句话，已经越来越有警世意味:“人类就是害虫。”
人类究竟是不是“害虫”，现在恐怕无法评价。但不可忽视的事实是，人类在挥霍自然的同时，也在挥霍自己的未来。史蒂芬·霍金，这位被誉为“在世的爱因斯坦”的伟大科学家，几年前就已发出了这样的惊呼:“地球进化史持续了50亿年，人类文明从开始到现在顶多20万年。但在这20万年，人类已将地球50亿年内积攒的资源耗掉了一半。”
环保主义者强调，必须尊重与保护地球上每一个活着的生命，因为文明的高级形态绝不是对大自然采取一种征服者的姿态，而是与大自然和谐共处。