她，是一个活泼开朗的日本小女孩，一年级就被迫从原来的学校退学了；她，是一个善良可爱的小女孩，曾用无比的爱心去帮助残疾同学泰明；她，是一个懂得感恩的小女孩，对于关心爱护她的小林校长总是抱有感激之情。她，就是日本小女孩——小豆豆。《窗边的小豆豆》主要讲一年级就被迫退学的小豆豆是个开朗善良的小女孩，在退学之后，小豆豆被转到了巴学园上学。在巴学园里，小豆豆曾帮助残疾同学泰明、接受校长小林先生的悉心教导。
后来，小豆豆也成功了，在文学史上留下了名字。小豆豆刚刚进入巴学园时，首先结识了校长先生——小林宗作。小林校长是个教导有方、循循善诱的好老师。有一次，小豆豆上厕所时，不小心把一个漂亮极了的小钱包掉到了便池里。小豆豆便到校工那里去掏便池，想要把钱包重新找回来。她把便池里的脏东西全都掏了出来，小林校长见到了，并不责怪小豆豆，只叫小豆豆干完后，把脏东西再都放回去。假如不是小林校长，而是其他大人，看到小豆豆在掏便池，一定非常生气，不管三七二十一就骂小豆豆一顿。
但是小林校长能站在小豆豆的角度上考虑问题，有一颗童心，能知道孩子心中在想什么。小林校长也知道，小豆豆是在做一件苦事，但是如果骂了小豆豆，小豆豆会怎么想？为了小豆豆慢慢地认识到事情的本质，小林校长没有责怪她。这样一位尊重孩子的好校长，怎能不受到学生们的爱戴？小豆豆在巴学园上学时，认识了同学高桥君。高桥君和泰明一样，都是残疾儿童，高桥君个子很矮，他也永远都长不高了。
为此，高桥君心里有阴影，很自卑。一次运动会，小林校长为了帮助高桥君找回自信，故意设计了一些符合高桥君特点的项目。于是，个子矮小的高桥君在运动会上项项第一。此后，高桥君也变得自信了。小林校长为了一个残疾的、自卑的孩子，倾注了很多心血。小林校长希望他的心血没有白费，高桥君能就此变得开朗起来。小林校长成功了，高桥君变得自信了。小林校长，您能理解学生、体谅学生、关心学生，您对小豆豆循循善诱，您对高桥君悉心关怀，您已经桃李满天下！我不仅喜欢聪明善良、活泼开朗的小豆豆，也喜欢善解人意、教导有方的小林校长。
小林校长培育了一群学生，使他们从懵懂无知变得智慧过人，个个都没有辜负他的期望，而小林校长，也将被人们永远地记住。